香港玛丽医院的宗旨为︰将可用的资源发挥最大的效益，从而为社区提供以病人为中心的优质医护服务；融汇医院管理局和大学专职医护人员所建立起的卓越专才，作为医院的资本，并以此尽力为社区提供特别的第三层和第四层医护服务；为专职医护人员的教育、培训与发展提供合适的环境、导师和设施；及全力支持香港大学李嘉诚医学院和牙科学系所主办或协办的医护服务教育活动和科研计划。

作为一间地区性急症全科医院，玛丽医院为市民提供全面的医护服务，包括24小时急症室服务，各专科和分科、以至复康服务。玛丽医院作为第三层和第四层的医疗服务转介中心，须负责诊治需要复杂及高科技医疗服务的病人，包括器官移植、初生婴儿深切治疗服务、儿童外科、辅助生育、心脏护理、口腔颔面外科及牙科、烧伤及整形外科与及脑外科等。

香港玛丽医院自2003年7月起成为香港指定的肝脏移植中心，提供世界级水准的肝脏移植服务。玛丽医院也提供一些独有的专科服务，例如骨髓移植；并与学术机构及医药/医疗仪器公司合作进行临床研究。

香港玛丽医院提供多方面的日间医疗护理，如癌病化疗、痛症治疗、体外冲击波碎石、内窥镜检查及心脏胸肺科、血液及肿瘤科及内分泌特别检查。

在社区及复康服务方面，除了为癌症病人提供纾缓护理谘询服务，院方亦借出辅助仪器给后期癌症病人，好让他们在家中自我照顾时，能改善生活质素。此外，纾缓服务亦为住院癌症病人提供谘询及心理社交的照顾；及为出院病人定期覆诊及提供家居照顾。社康护理服务亦已进行重整工作。

节省能源、保护环境、职业健康及安全等项目，已透过研讨会、通讯、训练(人手处理化学物品安全问题、预防职业病及风险评估)、巡视、委任监察员及联络主任等途径进行